Στις αρχές του 20ού αιώνα έγινε αντιληπτό ότι υπάρχουν αυτοάνοσα νοσήματα όπου τα Β και Τ λεμφοκύτταρα προκαλούν βλάβες σε ιστούς του οργανισμού, όπως για παράδειγμα συμβαίνει στον διαβήτη τύπου 1, στην πολλαπλή σκλήρυνση, στον ερυθηματώδη λύκο, στη ρευματοειδή αρθρίτιδα, στο σύνδρομο Sjogren κ.α. Υπάρχουν πάνω από 80 αυτοάνοσα νοσήματα που προσβάλλουν περίπου το 5% του γενικού πληθυσμού.
Η αιτία των αυτοανόσων νοσημάτων είναι ακόμη άγνωστη αλλά έχει διαπιστωθεί η αλληλεπίδραση διαφόρων παραγόντων. Ασθενείς με αυτοάνοσα νοσήματα έχουν συχνά οικογενειακό ιστορικό. Το στρες φαίνεται να παίζει ρόλο καθώς κάποια άτομα που εμφανίζουν για πρώτη φορά αυτοάνοσο νόσημα ή παρουσιάζουν έξαρση ενός ήδη υπάρχοντος, αναφέρουν ότι προηγήθηκε κάποιο στρεσογόνο γεγονός όπως απώλεια αγαπημένου προσώπου, οικονομική καταστροφή κλπ. Τα αυτοάνοσα είναι πιο συχνά στις γυναίκες (6,4% έναντι 2,7% στους άνδρες) και άρα οι ορμόνες μπορεί να παίζουν ρόλο.
Από παλιά υπάρχουν υπόνοιες ότι οι ιοί και τα βακτήρια διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στην παθογένεση των αυτοανόσων νοσημάτων. Στις περισσότερες περιπτώσεις, οι λοιμογόνοι μικροοργανισμοί δεν ανιχνεύονται στο σημείο που έχει υποστεί βλάβη ο ιστός, συνεπώς, η βλάβη προκαλείται από την ανοσολογική απόκριση και όχι από τον παθογόνο μικροοργανισμό, ο οποίος ενεργοποίησε το σχετικό μηχανισμό. Μια πιθανή εξήγηση είναι ότι το ανοσοποιητικό σύστημα συγχέει ορισμένες πρωτεΐνες των παθογόνων μικροβίων με τις πρωτεΐνες του σώματος επειδή φαίνονται δομικά όμοιες. Tο λάθος μπορεί να συμβεί όταν ορισμένα κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος απορροφήσουν μαζί με τα παθογόνα μικρόβια και πρωτεΐνες που βρίσκονται στην επιφάνεια κυτταρικών μεμβρανών του σώματος. Αυτό στη συνέχεια τα μπερδεύει και επιτίθενται σε ορισμένα κύτταρα του οργανισμού.
Είναι άγνωστο αν ορισμένα χημικά του περιβάλλοντος ή συστατικά της διατροφής παίζουν ρόλο. Ενδέχεται η έλλειψη βιταμίνης D, η οποία επηρεάζει τη συμπεριφορά αρκετών γονιδίων, να σχετίζονται με τις αυτοάνοσες νόσους. Επίσης, σύμφωνα με μια έρευνα, το πολύ αλάτι στη διατροφή μπορεί να συμβάλλει στα αυτοάνοσα νοσήματα. Αυτό προέκυψε από διαφορετικές ερευνητικές ομάδες που δημοσίευσαν τα συμπεράσματά τους ταυτόχρονα στο περιοδικό Nature το 2013.
Οι γιατροί χορηγούν σήμερα στους ασθενείς ανοσοκατασταλτικά φάρμακα το οποία όμως έχουν παρενέργειες (π.χ. αυξάνουν την πιθανότητα καρκίνου). Η έρευνα κατευθύνεται στο να βρεθούν τρόποι επανεκπαίδευσης του ανοσοποιητικού συστήματος όπως π.χ. συμβαίνει στην απευαισθητοποίηση που εφαρμόζεται στις αλλεργίες, και ορισμένες μελέτες σε πειραματόζωα δείχνουν ότι αυτό είναι εφικτό.
